监理工程师的个人所得税计算方式如下：
监理工程师取得证书的当年
可以享受3600元的专项附加扣除。
按综合所得计税
适用税率为3%-45%。
具体的税率和速算扣除数参照《适用税率表》确定。
按经营所得计税
代开的监理费和设计费属于个人经营所得，应按照个人所得税法征收个人所得税，税率为千分之五。
工资薪金所得
应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 扣除数） × 适用税率 - 速算扣除数。
年度汇算清缴
纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，由纳税人在月度或者季度终了后十五日内向税务机关报送纳税申报表，并预缴税款；在取得所得的次年三月三十一日前办理汇算清缴。
建议
取得证书的当年：直接申报3600元的专项附加扣除。
后续年度：根据实际收入情况选择综合所得或经营所得进行计税，并按照相关税率和速算扣除数计算税款。
年度汇算清缴：务必按时完成，确保税务合规。
希望以上信息对你有所帮助。如果有更多具体问题或需要更详细的计算示例，请提供更多信息。