北京二级建造师证书丢失后，可以按照以下步骤进行补办：
提交申请
携带身份证原件和复印件，到北京市建设行政主管部门进行申请。
填写申请表，等待审核通过后，领取新证书。
登报声明
在省级及以上报刊发布二级建造师证书遗失声明，以证明证书丢失。
网上申报
申请人通过个人二级建造师系统进行网上二级建造师注册证书遗失申报。
在公司二级建造师注册管理系统中同意申报，并提取“遗失补办申请表”并打印。
提交材料
携带以下资料至县一级主管部门进行资料审核：
遗失补办申请表
省级以上报刊原件
身份证原件和复印件
审核通过后，等待省级主管部门的批准。
领取证书
通过县一级主管部门批准后，再待省级主管部门批准后，按照主管部门通知领取补办的证书。
建议：
在补办过程中，保持与相关部门的沟通，确保所有材料齐全且符合要求，以加快补办进度。