二级建造师证书被扣留可能有多种原因，以下是一些常见情况及相应的处理步骤：
证书到期未进行延续注册
需要准备相应的材料并按照规定流程申请延续注册。
注册建造师在执业过程中存在违规行为
如违反职业道德、未履行合同等，需要针对这些问题采取措施。
注册建造师未能满足继续教育的学时要求
需要补充满足学时要求的相关材料。
单位无权扣押劳动者证件
根据《劳动合同法》相关规定，用人单位无权扣押劳动者的证件。劳动者可以向劳动行政部门投诉，寻求行政援助，或者提起劳动仲裁。
证书被非法扣押
劳动者应了解扣押原因，尝试与对方协商解决。如果协商无果，可以收集证据并向劳动监察大队、建设行政主管部门等相关部门投诉，甚至可以通过法律途径维护自身权益。
证书所有权问题
如果证书是公司出资考取，需要查看与公司签订的协议条款。如果是个人自费考取，离职后公司无权扣留。可以考虑将证书申报丢失并重新办理。
建议
先自我检查，确认是否存在可能导致证书扣留的问题，并采取相应措施。
主动联系发证机关，了解具体情况并获取具体指导和帮助。
如果涉及违法行为，如用人单位非法扣押证件，应积极维护自身权益，向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁。
保留相关证据，如证书被扣押的证明、与单位的沟通记录等，以便在需要时提供。
通过以上步骤，可以更有效地处理二级建造师证书被扣留的问题。