不合格总监理工程师的责任主要包括以下几点：
整改责任
总监理工程师若不合格，需负责进行整改。根据情节严重程度，可能会面临吊销资格证书的处罚。
职责履行
主持编制监理规划并进行全面校核，制定监理机构规章制度，审批监理实施细则，并签发监理机构的文件。
确定监理机构各部门职责分工及各级监理人员职责权限，协调监理机构内部工作。
对各项目工程师和专业工程师的工作进行指导、监督和检查，负责本监理机构中监理人员的工作考核，调换不称职的监理人员，并根据工程建设进展情况调整监理人员。
质量和安全管理
确保监督和检测的全面性和客观性，及时发现并纠正不合格和不安全的情况，确保工程项目的质量和安全。
执业精神和责任感
总监理工程师在监理过程中需表现出高度的执业精神和责任感，全力确保工程项目的质量和安全，同时重视沟通和协作，与项目中各相关方保持良好的反馈和联系，确保工程项目的成功完成和取得良好的社会效益。
这些责任强调了总监理工程师在工程项目中的关键角色，要求其在工作中保持高度的专注和专业性，确保工程质量和安全，同时维护良好的团队协作和沟通。