监理工程师在处理工程问题时，应遵循以下步骤和原则：
及时发现问题：
监理工程师应通过定期巡查和检查施工现场，及时发现施工质量不符合标准的问题，并与施工单位协调解决。
沟通与协调：
监理工程师需要与施工单位进行有效沟通，明确问题原因并提出改进措施。对于严重影响工程安全和质量的问题，应向建设单位提出停工或返工等建议。
签发《工程暂停令》：
对于需要加固补强或影响后续工序的质量问题，监理工程师应签发《工程暂停令》，指令施工单位停止相关部位和关联部位的施工，并采取防护措施。
质量问题调查与处理方案：
监理工程师应组织施工单位进行质量问题调查，并提出处理方案。处理方案需经设计单位提出并征得建设单位同意，处理结果应重新进行验收。
审核与签认：
监理工程师需审核质量问题调查报告和处理方案，确认无误后签认，并指令施工单位按方案实施处理，同时进行跟踪检查。
整改与复验：
施工完成后，监理工程师应要求施工单位对质量问题进行整改并进行复验，确保问题得到彻底解决。
记录与追溯：
监理工程师应做好问题记录，以备后期追溯和评估使用，同时调取相关证据，以备备案和纠纷解决之用。
法律途径：
若问题严重，监理工程师可提出行政复议或法律诉讼的建议，确保工程质量符合标准。
通过以上步骤，监理工程师能够有效处理工程中的质量问题，确保工程质量和安全，同时维护建设单位的利益。