监理工程师在以下情况下可以下达停工令：
施工作业活动存在重大隐患，可能造成质量事故或已经造成质量事故。
承包单位未经许可擅自施工或拒绝项目监理机构管理。
施工中出现质量异常情况，经提出后，承包单位未采取有效措施，或措施不力未能扭转异常情况。
隐蔽作业未经依法查验确认合格而擅自封闭。
建设单位要求暂停施工，且工程需要暂停施工。
为了保证工程质量而需要进行停工处理。
施工出现了安全隐患，总监理工程师认为有必要停工以消除隐患。
发生了必须暂时停止施工的紧急事件。
承包单位未经许可擅自施工，或拒绝项目监理机构管理。
施工单位未按审查通过的工程设计文件施工的。
施工单位违反工程建设强制性标准的。
在出现上述情况之一时，监理工程师应根据具体情况，按照委托监理合同所授予的权限，向承包单位下达工程暂时停止施工的指令，并及时进行质量控制。