如果您的二级建造师证件被原单位扣留，您可以采取以下措施：
与公司协商：
首先，您可以尝试与原单位进行协商，看看是否能够通过友好沟通解决问题。如果公司同意归还证书，那么问题就可以顺利解决。
申请劳动仲裁：
如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求解除劳动关系并返还资格证。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、证书等。
联系建设行政主管部门：
如果劳动仲裁未能解决问题，您可以联系当地的建设行政主管部门或住建厅，申请证书丢失挂失。同时，您也可以向当地劳动监察部门或法律援助机构寻求帮助。
法律途径：
如果上述方法都无法解决问题，您还可以考虑通过法律途径解决，如聘请律师进行咨询或代理诉讼。根据《劳动合同法》规定，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，因此您有权要求返还资格证。
确认证书状态：
在采取上述措施之前，您需要确认自己的考试结果和资格审核情况，确保自己符合获得证书的条件。如果证书遗失或被盗，您需要按照相关规定进行补办。
建议您先尝试与原单位协商解决，如果协商无果，再考虑采取法律途径。在整个过程中，保持冷静，合理维权。