关于公司是否允许员工考取二级建造师证书，有不同的说法：
企业员工可以个人名义报名参加考试
企业本身不能直接参加二级建造师考试，但企业员工可以个人名义报考，只要满足学历和工作年限要求。
需要以公司名义报名
可以以建筑工程相关公司的名义报名，如总包公司、分包公司、劳务公司、供应商公司等，且对资质没有特定要求。
报名单位要求具有相应资质
二建报名单位不仅限于建筑公司，还包括具有施工、安装、爆破、监理、工程咨询管理等资质的单位。
普通单位员工报考需满足条件
普通单位的员工在满足学历和工程实践经验要求，并得到单位同意和支持的情况下，可以报考二级建造师。
施工单位通常鼓励员工考证
施工单位一般不会阻止员工考取一二建证书，而且往往鼓励和支持员工考证，尤其是那些需要大量证书在岗员工的公司。
综合以上信息，可以得出以下结论：
如果员工是以个人名义报考，且满足相关学历和工作年限要求，大多数情况下是可以的。
如果员工希望以公司名义报考，则需要确保公司具有相应的资质，并且公司政策鼓励或支持员工考取二级建造师证书。
建议在具体操作前，先咨询所在公司的人事部门或相关管理人员，了解公司的具体政策和要求。