如果公司不配合办理二级建造师的注销手续，你可以采取以下步骤来解决问题：
与原企业沟通
首先，你应该与公司进行沟通，了解他们不配合办理注销手续的具体原因，并尽量通过协商解决问题。
提供解除劳动关系的证明材料
根据《注册建造师执业管理办法》（建市48号）第十九条的规定，申请注销注册时，必须提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，如解聘证明、离职证明、劳动仲裁书或法院判决书等。
向劳动仲裁部门或法院申诉
如果公司拒绝提供解除劳动关系的证明材料，你可以向企业所在地的劳动仲裁部门或法院申诉，要求解除劳动关系，并获取相应的证明材料。
利用注册系统的维权申诉功能
如果公司逾期（7天内）未处理你的注销申请，你可以通过注册系统的“维权申诉”栏目申诉，并上传相关证明材料。注册中心将介入处理。
申请跨企业注销
如果你已经与原聘用企业解除了聘用合同关系，但企业仍不配合办理注销手续，你可以申请“跨企业注销”。具体操作步骤包括勾选“申请跨企业注销”并上传相关证明材料。
向省级建设主管部门申请强制注销
如果公司仍然不配合，你可以向省级建设主管部门申请强制注销注册证书和执业印章。强制注销后，不影响二级建造师已注册人员的信息显示。
咨询专业律师
在处理此类问题时，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。
通过以上步骤，你应该能够解决公司不配合办理二级建造师注销手续的问题，并成功完成注销流程。