二级建造师考试中，普遍认为最难的科目是《专业工程管理与实务》。这一科目不仅要求考生掌握工程管理相关的理论知识，还要求具备较强的实操能力和解决问题的能力。它涵盖了建筑工程、市政工程、机电工程等多个专业领域的知识，要求考生对各类工程的管理实务有深入的了解，并能将理论知识应用于解决实际问题。
具体到专业难度，通常的排序是：
1. 建筑工程
2. 机电工程
3. 公路工程
4. 市政工程
5. 水利水电工程
6. 矿业工程
其中，市政工程因为其广泛的考试内容，包括城市道路、桥梁、给水、燃气、园林、垃圾填埋等多个板块，被认为是难度最大的专业。
考生应根据自己的工作经验、兴趣爱好及就业前景等因素选择报考专业。