水运监理工程师主要负责以下工作：
质量监督
监督港口、航道等水运工程的建设质量，确保工程符合相关标准和规范要求。
对施工材料和设备进行检查和测试，对施工过程中的各项工程质量指标进行监测和评估，以及对施工结果进行验收和评估。
进度控制
制定合理的工程进度计划，并监督工程的实际进度与计划进度的差异。如果发现工程进度滞后，监理工程师需要采取措施来加快工程进度，以确保工程按时完成。
成本控制
制定合理的工程预算，并控制工程的实际成本与预算成本的差异。这包括对施工过程中的成本进行监测和控制，以及对成本进行分析和评估，以便提出合理的成本控制建议。
安全监管
确保工程在施工过程中的安全，并采取必要的措施来预防事故和伤害。这包括对施工现场进行安全检查和评估，对施工人员进行安全培训和教育，以及对安全事故进行调查和处理。
合同管理
参与编制监理规划，编制监理实施细则，并预审承包人提交的分包项目和分包人。
核查进场材料、构配件、工程设备的原始凭证、检测报告等质量证明文件及其质量情况。
审批分部工程开工申请报告，协助总监理工程师协调参建各方之间的工作关系，处理施工现场发生的有关问题，签发一般监理文件。
监理文件管理
检验工程的施工质量，并予以确认或否认。审核工程计量的数据和原始凭证，确认工程计量结果。预审各类付款证书，提出变更、索赔及质量和安全事故处理等方面的初步意见。
收集、汇总、整理监理资料，参与编写监理月报，填写监理日志。在施工中发生重大问题和遇到紧急情况时，及时向总监理工程师报告、请示。
培训和指导
指导、检查监理员的工作，并在必要时向总监理工程师建议调换监理员。主持监理机构中监理人员的工作考核，根据工程建设进展情况调整监理人员。
参与验收
参与水利工程建设项目的设计、施工和验收等各个环节，对设计方案、施工方案、验收标准等进行审核和评估。
总结来说，水运监理工程师在工程建设中扮演着至关重要的角色，他们通过监督、检查、评估和协调等手段，确保工程的质量、进度、安全和成本控制，从而保障工程建设的顺利进行和最终质量。