消防工程师证书不会作废。以下是具体说明：
证书有效性
消防工程师资格证书是终身有效的，但需要每三年进行一次注册，证书须经注册后方可执业。
注册证的每一注册有效期为3年，在注册有效期内是相应级别注册消防工程师的执业凭证。
延续注册
取得一级、二级注册消防工程师资格证书的人员，经注册后方可相应级别注册消防工程师名义执业。注册有效期满需继续执业的，应当在期满前30日内办理注册手续。
如果未按规定办理延续注册，证书会失效。
注销与作废
根据《注册消防工程师管理规定》，某些情况下，注册消防工程师的注册证和执业印章会被注销，并在一定时间内不得再次申请注册。
综上所述，消防工程师证书在正常情况下是终身有效的，但需要定期进行延续注册，否则可能会因未办理延续注册而失效。因此，建议持证人按时进行延续注册，以保持其执业资格的有效性。