公司扣着二级建造师证是 违法的行为。根据《劳动合同法》第九条规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或以其他名义向劳动者收取财物。因此，用人单位无权扣押劳动者的证件，包括二级建造师证书。
当遇到这种情况时，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司协商：
首先，可以尝试与公司负责人进行沟通，说明扣押证书的法律后果，并要求公司归还证书。
向劳动监察部门投诉：
如果公司拒绝退还证书，可以向当地劳动监察部门投诉，并提供相关证据。劳动行政部门会依法调查处理，保护劳动者的合法权益。
寻求法律援助或提起劳动仲裁：
可以选择法律援助或提起劳动仲裁，通过法律途径来解决问题。在提起仲裁或诉讼时，需要提供相关证据，如劳动合同、证书被扣留的相关证据、与公司负责人沟通协商的记录等。
法律诉讼：
如果仲裁结果不满意，可以向法院提起诉讼，依法维护自己的权益。
总之，劳动者应该积极维护自身权益，及时采取行动，确保自己的证书能够顺利取回。