云南二级建造师的注销程序如下：
提交申请
申请人需先向所在地省级建设行政主管部门提交书面申请，并附上所需的全部材料。
审查与公示
相关部门会审查申请人的资格和提交的材料，确保满足注销条件，如持有有效的注册证书、无违法违规行为记录等。
审核通过后，会进入公示期，接受社会监督。
办理注销手续
公示期结束后，若没有问题，申请人需携带注册证书和执业印章，到市主管部门和省注册管理中心办理正式的注销手续。
提交额外材料
在注销过程中，可能还需要提交公司决议、营业执照副本、资质证书原件等材料。
完成注销
所有相关手续完成后，二级建造师的注册将被正式注销。
建议：
申请人在进行注销前，应仔细核对所有材料是否齐全，并提前咨询当地住建部门以获取详细的流程和所需材料，确保注销过程顺利进行。