南京二级建造师的发证机关为 住房和城乡建设部与江苏省人力资源和社会保障厅。具体来说，二级建造师资格证书由江苏省人力资源和社会保障厅颁发，而注册证书则由江苏省住房和城乡建设厅颁发。这一流程是根据《建筑法》和《建筑法实施条例》的规定，由建设行政主管部门负责，包括省级、市级和地方县区级的建设行政主管部门。同时，二级建造师执业资格证也是由国家人事部和建设部共同颁发的。
因此，对于南京二级建造师的发证机关，可以明确为江苏省人力资源和社会保障厅与江苏省住房和城乡建设厅联合颁发。建议考生在进行相关考试和注册时，查阅最新的官方信息以获取最准确的指导。