企业注销二级建造师的流程如下：
登录个人二级建造师管理系统
填写注销注册申请表。
企业在注销表格上填写同意注销，并提供相关理由，例如被解聘或取得一级建造师证。
打印带有条形码的申请表，并由企业盖公章和负责人签字。
准备并提交注销所需材料
打印企业同意的表格（有条码的）并加盖公章。
打印建造师注销注册汇总表，并加盖公章和负责人签字。
携带身份证、执业印章、注册证书、执业证书、安全证书等前往当地建委注销处办理。
等待审核与公示
提交所有材料后，等待审核。审核通过后，将在相关网站上进行公示，公示期通常为7天。
公示期满无异议的，将予以注销注册，并出具注销证明。
后续处理
完成注销手续后，企业应妥善处理与建造师相关的合同、社保等问题，确保双方权益不受影响。
建议：
确保所有材料的真实性和完整性，避免因材料问题影响注销进度。
在整个流程中，保持与相关部门的沟通，及时跟进审核进度。
注销后，及时更新相关信息系统，确保不再使用已注销的二级建造师资格。