二级建造师从公司注销的流程如下：
准备必要文件
身份证
建造师资格证书
注册证书
劳动合同
公司营业执照等
公司批准的注销证明文件。
向公司提交注销申请
提交书面注销申请，说明注销原因，并请求公司同意。
获取公司批准
等待公司审查并批准注销申请，获得公司批准的证明文件。
向相关管理部门报告
将注销申请和相关文件提交给当地建设行政部门。
完成行政程序
相关管理部门审核通过后，二级建造师注册将被正式注销。
更新个人信息
更新个人资料，注明注册已注销，并通知相关人员和机构。
建议：
确保所有文件和信息准确无误，并按照规定的流程进行提交和审核。
在整个过程中保持与相关部门的沟通，确保及时接收和处理相关通知。
如果公司不配合注销，需要提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，并按照相关规定进行申请。