二级建造师单位申请注销需要遵循以下步骤和准备相关材料：
了解相关规定
在申请注销之前，单位应首先了解相关的政策和规定。
准备注销申请及相关材料
提交一份正式的注销申请，包括申请书（负责人签字盖章）、注销理由说明、负责人身份证复印件等。
提供工程业绩材料，如近3年内的业绩证明、施工图纸、工程量清单、竣工验收报告、结算单等。
提供证书复印件，包括二级建造师资格证书、职业资格证书、在职证明等。
提供公司营业执照、组织机构代码证、税务登记证、法人代表身份证明等原件及复印件。
提供结算清单和其他有关证明材料。
如果原聘用单位不配合出具解聘、离职证明，应提交申请报告和相关证明材料到相关部门申诉。
提交申请
企业单位需要登录企业资质管理页面，分别在企业界面和个人界面申请注销，并打印出“二级注册建造师注销注册申请表”，申请人签名，企业意见中签字盖章。
提交所有准备好的申请材料至当地的建设工程技术人员管理机构进行申请，接受相关工作人员的审核和审批。
审批与公示
审批部门对申请材料进行审核并确定是否具备注销条件。
对具备条件的单位进行公示，公示期为15个工作日。
如果没有异议，审批部门会颁发注销批文。
后续处理
完成注销后，单位需要办理税务注销手续，包括解除税务登记、办理发票销售注销等。
对于承包的工程项目，单位应当办理交接手续，并注销承包资质。
重新注册
注销后重新申请注册时，注册证书和执业资格章将被建设主管部门收回，且视为初始注册。
建议：
单位在申请注销前，应仔细检查所有材料是否齐全，并确保所有相关手续都已办妥。
如果遇到原聘用单位不配合的情况，应尽快通过法律途径解决劳动关系问题，以保证注销过程的顺利进行。