消防工程师档案的保存期限如下：
资格证书档案 ：通常是长期保存。原始技术资料：
如消防设施施工安装、竣工验收以及验收技术检测等，这些资料需要长期保存。
值班记录和巡查记录
《消防控制室值班记录表》和《建筑消防设施巡查记录表》的存档时间不少于1年。
维护保养和维修记录
《建筑消防设施检测记录表》、《建筑消防设施故障维修记录表》、《建筑消防设施维护保养计划表》、《建筑消防设施维护保养记录表》的存档时间不少于5年。
其他管理情况档案：
保存时间不少于3年，具体项目另有要求的，从严规定。
综上所述，消防工程师档案的保存期限主要分为长期保存、不少于1年、不少于5年以及不少于3年几类。建议相关单位和个人严格按照这些规定进行档案保存，以确保档案的完整性和可用性。