二级建造师注销企业确认的流程如下：
个人申请注销注册
建造师本人通过所在企业的建造师管理系统提交注销申请，并上传相关证明材料，如离职证明等。
企业在系统中确认提交申请，并将相关材料报送至当地建设主管部门。
企业提出注销注册
企业登录企业版用户入口页面，填写《注销注册申请表》，并保存。
个人登录系统，进行确认后，由企业再次登录上报。
审核过程
主管部门会对提交的材料进行审核，如材料齐全、符合要求，将予以注销。
审核通过后，相关部门会出具同意注销的意见，并进行公示，公示期通常为7天。
公示与正式注销
公示期满后，相关部门将正式办理企业的注销手续，包括收回企业的资质证书、安全生产许可证等相关证件，并在官方平台上公布注销结果。
建议
在办理注销前，确保不存在未完成的工程项目或有法律纠纷等情况，以免影响注销流程。
提交申请前，建议仔细检查所有材料是否齐全、准确，以避免因材料问题导致注销失败。
若企业提出注销申请，应确保企业内部的审批流程已经完成，并且所有相关手续都已妥善办理。