二级建造师证书的盖章颁发机构如下：
人事部与建设部共同盖印
二级建造师证书是由 人事部和 建设部共同盖印颁发的。
省、自治区、直辖市人事部门和住建部门颁发
通过二级建造师执业资格考试合格后，考生由省、自治区、直辖市的人事部门和住建部门颁发《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。
当地省人力资源和社会保障厅与住房和城乡建设厅颁发
二建证书包括资格证书和注册证书，前者由当地省人力资源和社会保障厅颁发，后者由当地省住房和城乡建设厅颁发。
综上所述，二级建造师证书的盖章颁发机构主要是国家层面的人事部与建设部，以及地方层面的省人力资源和社会保障厅与住房和城乡建设厅。