一级建造师的执业资格证书是否放在公司，主要取决于个人的选择以及公司的政策。以下是一些关键点：
个人选择
可以放在自己手里：一级建造师如果不想在公司注册，执业资格证书可以放在自己手里。这不会违反任何规定，只是证书的使用范围会受限，仅作为取得执业资格的证明。
公司政策
需要人证合一：目前，所有执业资格证都需要人证合一，即社保和合同都要有。因此，如果证书不在公司，可能会影响到社保和合同的办理。
扣留证件的合法性：公司扣留证件是否合法，需根据具体情况判断。如果是公司出资考取的证书，可能会有相关协议限制。如果是自己自费考取的证书，公司通常无权扣留。
法律法规
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》，企业不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，除非有相关协定。如果公司无理由扣留证件，劳动者可以通过劳动部门或法律途径解决。
建造师挂靠行为：建造师挂靠行为是违法行为，根据相关法规，建造师不得非法转让资格证书、注册证书和执业印章。
建议
与公司沟通：首先应与公司沟通，了解不放证件的原因，看是否可以协商解决。
保留证据：在沟通过程中，注意保留相关证据，以备后续可能的法律纠纷。
咨询专业人士：如果沟通无效，可以咨询当地住建部门或法律援助，了解具体的法律途径和解决方案。
综上所述，一级建造师的执业资格证书是否放在公司，建议根据个人情况和公司政策综合考虑，并在必要时寻求专业法律帮助。