一级建造师证书被公司扣留是一个涉及劳动法的问题。以下是一些建议的解决步骤：
与公司协商
首先，尝试与公司进行友好协商，说明扣留证书是违法行为，并要求归还。如果公司同意归还，问题可以快速解决。
准备相关证明材料
如果协商无效，需要准备相关证明材料，如情况说明、身份证原件、解聘证明等，以便向相关部门申请注销注册或解除劳动关系。
向劳动仲裁部门或法院申诉
如果公司仍然不配合，可以向当地的劳动仲裁部门或法院申诉，要求解除劳动关系，并提交相关证明材料进行申诉。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条和第84条，公司无权扣押劳动者的居民身份证和其他证件，违者将受到处罚。
向建设行政主管部门投诉
可以向当地的建设行政主管部门投诉，说明公司扣押证书的情况，并要求其介入处理。根据《建设工程质量管理条例》第五条，从事建设工程活动必须严格执行基本建设程序，坚持先勘察、后设计、再施工的原则，县级以上人民政府及其有关部门不得超越权限审批建设项目或者擅自简化基本建设程序。
申报丢失重办
如果建造师证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，这样以往的证书便可作废。这需要提供相关证明，并按照官方规定进行操作。
建议
保留证据：在整个过程中，务必保留所有相关的证据和文件，以便在需要时能够提供证明。
咨询专业人士：在处理此类问题时，建议咨询专业的法律人士，以确保自己的权益得到充分保障。
选择合适的途径：根据问题的具体情况选择合适的解决途径，如协商、仲裁或法律诉讼，以最大程度地维护自己的合法权益。