二级建造师不能跨省注册的主要原因包括：
各省自主命题和考试：
二级建造师考试是由各省自主命题和安排的，因此各省的考试内容和要求各不相同。由于各地实际情况和建设情况存在较大差异，为了确保考试的公平性和有效性，二级建造师的资格证书只能在报考省份注册和使用。
政策和管理要求不同：
各地的政策和管理要求不同，需要遵循注册地的规定。这使得跨省注册存在一定的难度和限制。
执业资格互认机制不完善：
目前，各地执业资格互认机制尚未完善，这也导致了二级建造师跨省注册的难度增加。
综上所述，二级建造师不能跨省注册主要是由于各省自主命题和考试、政策和管理要求不同以及执业资格互认机制不完善等原因。为了确保考试的公平性和有效性，二级建造师的资格证书只能在报考省份注册和使用。