二级建造师在缴纳个人所得税时，可以按照 3600元的定额标准进行扣除。这项扣除是基于《关于提高个人所得税有关专项附加扣除标准的通知》中的规定，适用于取得相关专业技术人员职业资格证书的当年。
具体的操作流程通常在次年的三月一日至六月三十日期间进行年度个税汇算时申请，考生可以在此时申请证书抵扣扣除。
需要注意的是，这项扣除是针对取得证书的当年，而不是证书颁发后的每个纳税年度。此外，扣除的金额是固定的3600元，不会因个人收入或其他因素而有所不同。
综上所述，作为二级建造师，您可以在年度个税汇算时申请3600元的定额扣除，以减少您应缴纳的个人所得税额。