工程变更价款的确定方法如下：
合同中有适用价格
如果合同中已有适用于变更工程的价格，则按合同已有的价格变更合同价款。
合同中有类似价格
如果合同中只有类似于变更工程的价格，则可以参照类似价格变更合同价款。
合同中没有适用或类似价格
如果合同中没有适用或类似于变更工程的价格，则应由承包人或发包人提出适当的变更价格，经对方确认后执行。若双方不能达成一致意见，可提请工程所在地工程造价管理机构进行咨询或按合同约定的争议或纠纷解决程序办理。
工程量清单单价或价格的套用
直接套用：从工程量清单上直接拿来使用。
间接套用：依据工程量清单，通过换算后采用。
部分套用：依据工程量清单，取其价格中的某一部分使用。
综合单价的调整
因施工图纸（含设计变更）与工程量清单项目特征描述不一致时，应按新的项目特征重新确定相应的工程量清单项目的综合单价。
因分部分项工程量清单漏项或非承包人原因引起的工程变更，增加新的工程量清单项目时，其对应的综合单价按以下方法确定：
合同中已有适用的综合单价，按合同中已有的综合单价确定。
合同中有类似的综合单价，参照类似的综合单价确定。
合同中没有适用或类似的综合单价，由承包人提出综合单价，经发包人确认后执行。
措施项目费的调整
安全文明施工费应按照实际发生变化的措施项目调整，不得浮动。
采用单价计算的措施项目费，应按照实际发生变化的措施项目调整，根据已标价工程量清单项目的规定确定单价。
按总价（或系数）计算的措施项目费，按照实际发生变化的措施项目调整，但应考虑承包人报价浮动因素。
法律法规变化
若因国家的法律、法规、规章及政策发生变化，国家建设主管部门或其他授权的工程造价管理机构据此发布工程造价调整文件，工程价款应当进行调整。
争议解决
若因工程变更导致该清单项目的工程数量发生变化，且工程量偏差超过15%，此时，该项目单价的调整应按照相关规范调整。
这些方法确保了工程变更价款的确定过程公平、合理，并符合合同约定和法律法规要求。在实际操作中，建议双方严格按照这些原则和方法进行协商和处理，以确保工程顺利进行并维护合同双方的合法权益。