二级建造师证书虽然具有一定的行业认可度和实用性，但也存在一些弊端，主要包括：
工作压力大：
作为项目核心管理人员，二级建造师需要负责项目进度、质量、成本等多方面的控制，工作压力较大。
工作环境艰苦：
施工现场条件通常较为艰苦，可能需要适应户外或高空作业等环境。
工作时间不固定：
建筑施工工作性质导致工作时间可能不规律，需要加班或轮班，可能影响个人生活安排。
安全风险高：
施工现场存在安全风险，二级建造师需要具备安全管理知识和技能以降低事故风险。
政策法规风险：
政策法规变动可能影响证书的有效性和使用范围。
企业风险：
证书挂靠的企业可能存在不稳定或不合规的风险，如挂靠单位人品不佳或遇不良企业可能导致一系列问题。
行业认可度不一：
虽然多数建筑公司认可二级建造师证书，但仍有一些质疑声音，认为证书不能完全代表个人能力和职业素养。
市场竞争激烈：
并非所有建筑公司和机构都过分关注证书，他们可能更看重实际工作经验和效果。
以上弊端需要在考虑考取和持有二级建造师证书时予以充分考虑。