造价工程师在处理工程变更中的结算问题时，应遵循以下步骤：
确认变更范围
确定哪些工程变更事项属于合同约定的变更范围。
审查变更内容
明确变更内容，包括变更的工程性质、内容、规模等。
确定变更单价
若变更内容在工程量清单中已列明单价，则使用投标报价书中的相应单价作为结算单价。
若清单中未列明，且甲乙双方未协商一致，则参考类似工程定价方法确定变更单价。
计算变更工程量
根据实际完成的变更工程量计算变更工程的结算价值。
协商一致
业主与承包商应平等协商，签署变更协议或施工签认单，确保变更内容双方认可。
执行变更协议
由注册造价工程师根据变更协议执行结算，确保结算过程公正、合理。
处理索赔要求
分析设计变更带来的直接和间接影响，合理处理施工企业的索赔要求。
审核结算文件
审核所有结算文件，确保变更结算准确无误。
记录和报告
记录变更结算的过程和结果，并报告给相关方。
遵守法律法规
在整个过程中，遵守《合同法》及基建工程结算的相关法规。
通过以上步骤，造价工程师可以合理确定变更工程的结算价格，确保工程投资控制的有效性，并避免造价纠纷问题。