公司要剔除二级建造师，应遵循以下步骤和程序：
核实违规行为
公司需要详细调查并核实该员工是否存在违反法律法规或公司规章的行为。这可能包括不遵守建筑行业的相关规定和标准、在注册考试或执业过程中存在作弊行为、未能履行其作为建造师的职责和义务等。
内部审查与评估
一旦确认了违规行为，公司应当启动内部审查流程，对事件进行全面评估。这通常涉及收集证据、确保有足够的信息支持剔除决定、与涉事员工进行沟通、给予其陈述和申辩的机会、评估剔除对公司和项目的影响、制定相应的应对策略等。
做出剔除决定
在完成内部审查后，公司应依据相关法规和公司政策作出剔除决定。这个决定应当是公正、合理且符合法律规定的。
通知当事人
在剔除决定做出后，公司应当以书面形式通知涉事员工，明确告知其被剔除的原因以及剔除的后果。同时，也应告知员工享有的申诉权利。
执行剔除程序
剔除决定生效后，公司应采取必要的措施来执行剔除程序，包括但不限于收回员工的二级建造师资格证书、从公司管理系统中移除员工的注册信息、通知相关行业协会或主管部门关于剔除的情况等。
后续处理
剔除完成后，公司还需要做好后续的管理工作，如记录剔除过程和结果、以备日后查询。同时，对于因剔除产生的任何影响，公司应采取措施予以缓解，例如重新分配受影响的项目任务等。
这些步骤旨在确保公司在剔除二级建造师时，既符合法律法规的要求，又能妥善处理员工的权益和公司的运营。