如果您的二级建造师证在中介手里，您可以采取以下步骤来解决问题：
沟通与协商
主动与中介公司取得联系，了解注册进度和具体原因。
保持沟通的频率和礼貌，催促中介尽快解决问题。
如果可能，要求中介提供相关证明材料和操作记录。
查阅合同
检查您与中介签订的合同，确认合同中关于证书归属、取回流程等条款。
确认合同中是否有明确的违约责任条款，以便在后续维权中有据可依。
收集证据
收集与中介公司的合同、沟通记录、转账记录、聊天记录等证据。
这些证据在后续的维权过程中将起到关键作用。
法律咨询
如果中介公司存在违约行为或长期无法解决问题，您可以寻求专业律师的帮助。
律师可以为您提供专业的法律意见，并帮助您制定合适的维权策略。
行政投诉
向当地住建部门或行业协会投诉，寻求行政力量的介入。
建设行政主管部门可能会要求中介公司归还证书或采取其他措施解决问题。
法律诉讼
在收集充分证据的前提下，可以向法院提起诉讼，要求中介归还二建证。
法院会根据相关法律法规和证据来判决案件，维护您的合法权益。
注销手续
如果二建证书被中介非法注册，您可以向省级建设行政主管部门申请注销证书。
提供相关证明材料，如与中介公司的合同、沟通记录等，以证明您与中介公司之间不存在劳动关系。
预防措施
为避免类似情况再次发生，建议您在签订合同时仔细阅读合同条款，尤其是关于证书使用的相关规定。
选择信誉良好的中介机构，以降低此类风险。
通过以上步骤，您可以采取合适的法律手段来维护自己的权益，并争取尽快取回二级建造师证。