签订二级建造师与公司协议的过程如下：
确认资格
确认双方是否具备签署协议的资格。对于建造师，需验证其是否持有有效的二级建造师资格证书及是否在注册有效期内。对于雇主或项目方，需确认其具有合法的法人地位或相应的委托授权。
明确工作内容与范围
在协议中明确建造师的工作内容、职责范围和工作量。这包括工程项目管理的具体任务，如施工组织设计、进度控制、质量控制、安全管理等。同时，应详细列出建造师所负责的具体工程部分或阶段。
约定服务期限与报酬
协议中应明确规定建造师的服务期限及在此期间内应获得的报酬。报酬可以按固定月薪计算，也可以根据项目进度或完成的工作量来支付。还应明确支付方式、支付时间以及可能出现的加班费用等。
遵守法律法规
协议中应明确指出双方需遵守的相关法律法规，包括但不限于建筑行业相关的法律法规、劳动法规以及合同法等。确保双方的权益在法律框架内得到保护。
保密条款
考虑到工程项目可能涉及商业机密和技术秘密，协议中应包含保密条款，规定双方在合同期内及合同终止后一段时间内不得泄露相关敏感信息。
违约责任
明确双方在违反协议时应承担的责任和后果。这可能包括违约金、损害赔偿以及因违约造成的额外损失等。
争议解决方式
协议中应规定争议解决的方式，例如通过协商解决、申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。提前约定争议解决途径有助于减少纠纷处理过程中的不确定性。
签字盖章
协议应由双方代表签字并加盖公章。在签订协议前，建议请律师或专业人士对协议进行审查，以确保协议内容的合法性和公平性。
提交注册申请
准备好所有材料后，建造师需向当地的住房和城乡建设部门提交注册申请。公司应提供必要的支持，如盖章服务。
支付挂靠费
根据协议规定，公司应在约定的期限内支付挂靠费用给建造师。费用支付方式及时间应在协议中明确。
维护权益
在整个挂靠期间，建造师应确保自己的资格证书不被用于违法违规的活动，并维护自己的合法权益。
通过以上步骤，建造师可以与公司签订一份详细且合法的协议，明确双方的权利和义务，确保合作过程的顺利进行。