不合格二级建造师证书的处理方式主要取决于证书无效的具体原因。以下是一些可能的处理措施：
撤销证书
如果二级建造师证书是通过不正当手段获得的，比如伪造资料或者考试作弊等，相关部门会依法撤销该证书。持证人将失去作为二级建造师的资格，并且在未来一段时间内可能无法再次申请此类证书。
罚款或行政处罚
根据问题的严重性，持证人还可能面临罚款或其他行政处罚。这些处罚的具体金额和形式会根据当地的相关法规来确定。
法律诉讼
在某些情况下，如果问题严重到构成犯罪，持证人可能会面临刑事诉讼。这包括但不限于伪造证件、欺诈等罪名。
重新考试或培训
对于某些问题，如考试成绩不实等，持证人可能需要重新参加考试或接受相关培训，以证明其具备相应的专业知识和技能。
记录在案
在一些情况下，持证人的不良记录可能会被记录在案，这将影响其在建筑行业内的职业发展。
更新个人信息
如果证书无效是由于个人信息不实造成的，需要及时更新相关信息。这通常涉及到提交新的学历证书、工作证明等相关材料。
重新注册
对于因证书过期而失效的情况，需要按照相关规定重新进行注册。这通常包括继续教育、考试等环节。
遵守规定，避免违规行为
无论是持证人还是用人单位，都应严格遵守相关法律法规，不得有挂靠、转借等违规行为。一旦查实，不仅会面临证书被吊销的后果，还可能受到行政处罚，甚至追究刑事责任。
寻求专业帮助
在解决二级建造师证书无效的问题时，可以寻求专业的培训机构或律师的帮助。但需要注意的是，选择专业机构时要谨慎，确保其合法性和专业性。
面对证书被查的情况，持证人应该主动配合调查，提供真实的信息，并承担相应的责任。同时，也应该积极寻求补救措施，如参加相关的培训和考试，以恢复自己的职业资格。