造价员证书的颁发部门有以下几种：
建设部：
早期造价员证书由建设部授权各地建委颁发，并且还有国家建筑材料标准定额总站颁发的证书，但认可度相对较低。
各地住房和城乡建设部门：
目前，造价员证书一般由各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门颁发，具体可咨询当地建委或相关部门。
中国建设工程造价管理协会：
考试合格后，由中国建设工程造价管理协会颁发统一印制的《全国建设工程造价员资格证书》及《全国建设工程造价员印章》。该证书全国范围内通用，并由建设部相关部门管理注册和统一编号。
国家机械定额站：
中价协颁发，国家机械定额站盖章的证书。
电话查询：
对于2016年之前的证书，可以通过电话查询真伪。
专业限制：
目前仅办理“土建”和“安装”两个专业，市政专业待定。
综上所述，造价员证书主要有以上几个部门颁发，建议选择中国建设工程造价管理协会颁发的证书，因为它是官方机构且全国范围内通用。