二级建造师证书在过了三年后， 不会自动作废，但仍需进行继续教育并满足其他相关要求才能重新注册。以下是具体规定和操作流程：
继续教育要求
超过三年未注册的情况下，持证人需要提交继续教育证明才能申请注册。
继续教育在注册有效期满前三年内参加一次并考试合格即可，通常由当地建设行政主管部门每年举办。
注册延续手续
在注册证书有效期满前的最后3个月，持证者需要到原注册管理机构办理延续注册手续。
如果逾期未申请注册延续，持证者需要符合本专业继续教育要求后方可申请初始注册。
其他注意事项
若注册证书过期且未按时办理续期注册，且被注销期或未注册期超过3年以上，申请重新注册时需完成被注销期或未注册期内所规定继续教育学时，方可申请重新注册。
综上所述，持有二级建造师证书的人员在证书到期后，务必按照规定完成继续教育并办理延续注册手续，以确保证书的有效性和可执业性。