二级建造师机构负责人通常指的是 项目管理机构负责人，其职责主要包括：
项目管理目标责任书规定的职责：
负责履行项目管理目标责任书中所规定的各项职责。
工程质量安全责任承诺书中应履行的职责：
确保工程质量和安全，履行在工程质量安全责任承诺书中的承诺。
编制和管理项目规划：
组织或参与编制项目管理规划大纲和项目管理实施规划，对项目目标进行系统管理。
制定和实施安全措施：
主持制定并落实质量、安全技术措施和专项方案，并负责相关的组织协调工作。
资源监控和管理：
对各类资源进行质量监控和动态管理，确保进场机械、设备、工器具的安全、质量和使用。
建立和管理专业制度：
建立各类专业管理制度并组织实施。
环境保护措施：
制定有效的安全、文明和环境保护措施并组织实施。
项目绩效评估：
组织或参与评价项目管理绩效。
任务分解和利益分配：
在授权范围内进行任务分解和利益分配。
工程资料管理：
按规定完善工程资料，规范工程档案文件，准备工程结算和竣工资料，参与工程竣工验收。
接受审计和善后工作：
接受审计，处理项目管理机构解体的善后工作。
项目检查、鉴定和评奖申报：
协助和配合组织进行项目检查、鉴定和评奖申报。
缺陷责任期工作：
配合组织完善缺陷责任期的相关工作。
此外，项目管理机构负责人的权限包括：
参与项目招标、投标和合同签订。
参与组建项目管理机构。
参与组织对项目各阶段的重大决策。
主持项目管理机构工作。
决定授权范围内的项目资源使用。
制定项目管理机构的管理制度。
选择并直接管理具有相应资质的分包人。
选择大宗资源的供应单位。
与项目相关方进行直接沟通。
法定代表人和组织授予的其他权力。
综上所述，二级建造师机构负责人在项目中扮演着关键角色，不仅需要全面负责项目的规划、实施和控制，还需要具备一定的权限来确保项目的顺利进行和成功完成。