二级建造师在挂靠项目时确实存在风险，这些风险主要包括以下几个方面：
安全和质量风险：
二级建造师作为项目第一责任人，在项目发生重特大质量或安全事故时，可能需要承担法律责任。由于实行项目终生负责制，责任具有追溯期，一旦发生安全事故，后果可能是灾难性的，包括可能面临刑事责任。
证书风险：
二级建造师证书在挂靠期间，若企业出现违规行为，可能导致证书年检不通过或影响个人信誉。此外，挂靠协议可能违反政府部门规定，属于无效合同，不受法律保护，若企业出现违约行为，建造师的利益可能无法得到保障。
违约风险：
挂靠协议本身可能违反政府部门规定，属于无效合同，不受法律保护。若企业出现违约行为，如不支付挂靠费用或不按规定使用证书，建造师的利益可能无法得到保障。
法律风险：
由于挂靠协议违反政府部门规定，可能涉及合同无效，建造师需要承担相应的违规后果。此外，如果发生重大质量或安全事故，媒体曝光和安全监督干预，建造师可能要承担法律责任。
经济风险：
挂靠单位可能各种原因拖欠费用，导致建造师的经济利益受损。
建议
选择信誉良好的企业：在选择挂靠企业时，应重点考虑企业的信誉和口碑，避免与不良企业合作。
签订详细协议：在签订挂靠协议时，应明确双方的权利和义务，确保协议内容合法合规，并明确违约责任和纠纷解决机制。
注意维护自己的权益：在挂靠期间，建造师应密切关注项目进展和企业行为，及时发现并处理潜在风险，确保自己的合法权益不受侵害。
遵守法律法规：无论是否挂靠，建造师都应严格遵守国家的法律法规和相应的专业规范，确保项目的安全和质量。
通过以上措施，可以在一定程度上降低二级建造师挂靠项目的风险，保护自己的合法权益。