根据最新的市场数据， 市政公用工程专业的二级建造师证书费用最高。具体费用情况如下：
建筑工程专业：
挂靠费用通常在1万-1.8万元之间，具体价格取决于不同的评价机构和市场需求。
机电工程专业：
挂靠费用在1.2万-2.8万元之间，市场需求量大，因此挂靠费用也较高。
市政公用工程专业：
挂靠费用在2.8万-3万元之间，是市场需求量很大的专业，因此挂靠费用最高。
水利水电工程专业：
挂靠费用在2万-2.3万元之间，专业性强，市场需求量大。
公路工程专业：
挂靠费用在2.2万-2.5万元之间，工程承包规模大。
矿业工程专业：
挂靠费用在1.3万-1.5万元之间，挂靠选择面小。
综上所述， 市政公用工程专业的二级建造师证书费用最高，其次是水利水电工程专业和机电工程专业。建议在选择专业时，除了考虑市场需求和挂靠费用外，还需结合个人的职业规划和发展方向。