当二级建造师证书被扣留时，可以采取以下几种方法来解决：
与公司协商
首先，可以尝试与用人单位进行协商，说明扣押证书是违法行为，并要求归还。
向劳动监察部门投诉
如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政援助。劳动行政部门会责令公司改正并退还证书。
申请劳动仲裁
可以向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求公司归还证书。劳动仲裁不需要费用，且根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司扣押劳动者证件是违法行为。
提起诉讼
如果劳动仲裁未能解决问题，还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
向建设部门投诉
可以向当地住建厅或建设局投诉，说明情况并提供相关证据，要求注销在原单位的注册，并重新注册到新单位。
寻求法律援助
如果需要，可以寻求法律援助，咨询专业律师，了解更详细的法律程序和操作方法。
粘、闹、送
在某些情况下，可以采取较为激进的手段，如经常去管证人员或老总办公室粘他们，哭诉自己的难处，以引起重视并争取证书归还。
建议
收集证据：在采取上述措施时，务必收集好所有相关证据，如劳动合同、证书复印件、工资单、离职证明等，以便在需要时提供支持。
咨询专业人士：在采取任何行动前，建议咨询专业律师或法律机构，获取更具体的法律建议和指导。
保持冷静：在处理此类问题时，保持冷静和理智，避免采取过激行为，以免影响自己的合法权益。
通过以上方法，可以有效地解决二级建造师证书被扣留的问题，维护自己的合法权益。