离职后公司扣留二级建造师证书的情况，可以根据不同情况进行处理：
自费考取的证书
如果二级建造师证书是员工自费考取的，企业无权扣留。员工有权要求企业归还证书，可以通过劳动仲裁或法律途径解决。
企业出资考取的证书
如果证书是企业出资考取的，员工与公司之间可能存在书面或口头协议，约定了工作年限或应尽义务。在这种情况下，员工离职时需要按照协议支付企业出资额，企业才有权扣留证书。
沟通协商
首先应尝试与公司进行沟通，要求归还证书。在沟通过程中，保持冷静和专业，尽量用平和的方式表达诉求。
法律途径
如果沟通未果，可以向当地劳动监察大队投诉，请求其介入调查。此外，还可以咨询专业律师，根据《劳动合同法》和《物权法》等相关法律法规，向人民法院提起诉讼，要求企业归还证书。
保存证据
在整个过程中，应确保保存好所有相关证据，包括劳动合同、沟通记录、投诉记录等，以备不时之需。
其他方法
如果上述方法都无法解决问题，可以尝试到发证机构申请补办证书，同时将原来的证件注销。注销原因可以添枝加叶，以引起发证机构的重视。
建议
先沟通后法律：优先尝试与公司沟通，如果无法解决，再采取法律途径。
保留证据：在整个过程中，务必保存好所有相关证据，以便在需要时提供支持。
咨询专业人士：在采取法律行动前，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议。
希望这些建议能帮助你顺利解决离职后公司扣留二级建造师证书的问题。