住建部颁发的二级建造师资格证书的注册程序如下：
考试合格
二建执业资格考试合格者，由省、自治区、直辖市人事部门颁发由人事部、建设部统一格式的《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。
申请注册
取得二级建造师资格证书的人员申请注册，由省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门负责受理和审批。
核发注册证书
对批准注册的，核发由国务院建设主管部门统一样式的《中华人民共和国二级建造师注册证书》。
总结：
住建部负责制定二级建造师的注册管理规定，而具体的注册申请和审批工作则由省、自治区、直辖市人民政府建设主管部门负责。考试合格的二级建造师将获得由人事部、建设部统一格式的执业资格证书，并可通过相应的申请程序获得由国务院建设主管部门核发的注册证书。