修改二级建造师合同通常需要遵循以下步骤：
协商一致
合同双方应协商一致，确定变更的具体内容，包括变更的原因、变更的项目以及变更后的条款等。
签订书面变更协议
根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规的规定，双方需签订书面形式的变更协议。变更协议应明确记载原合同的基本情况、变更的原因、变更的内容以及变更后的权利义务关系等。在签订变更协议时，双方应确保其内容合法、有效，且不得违反国家法律、行政法规的强制性规定。同时，变更协议应当由合同双方签字或盖章，并保留至少两份原件，以备后续可能的法律纠纷之用。
办理相关手续
在某些情况下，合同变更可能需要办理相应的手续。例如，如果合同涉及到土地使用权的转让，那么就需要到土地管理部门办理土地使用权变更登记手续；如果合同涉及到建筑项目的施工，那么就需要到建设主管部门办理施工许可证的变更手续等。这些手续的办理是合同变更在法律上得到认可的重要环节。
通知相关方
在合同变更后，合同双方应及时通知与合同有关的其他方，如担保人、抵押权人等。这是因为合同变更可能会影响到他们的权益。
对于二级建造师单位的更改，通常需要通过官方的注册系统进行操作，具体步骤如下：
准备所需材料
身份证原件及复印件
二级建造师执业资格证书原件
与原聘用单位解除劳动关系的证明文件（如劳动合同终止单等）
与新聘用单位签订的劳动合同或聘用合同
登录注册系统
访问当地住建部门指定的二级建造师注册管理系统网站，并使用你的身份证号码进行登录。如果你尚未注册，需要先完成注册流程。
提交变更申请
在系统中找到“单位变更”或“执业单位变更”的相关选项，根据提示填写新的聘用单位名称及相关信息，并上传之前准备的材料扫描件。确保所有信息的准确性，因为一旦提交后无法修改。
等待审核
提交变更申请后，系统会将你的申请转交给相关管理部门进行审核。审核过程可能需要一段时间，具体时间取决于当地住建部门的处理速度。在此期间，请耐心等待。
领取新证书
审核通过后，你将收到通知，告知你前往指定地点领取新的二级建造师注册证书。领取时，请携带身份证原件。
建议你在进行合同变更时，仔细遵循相关法律法规和程序，确保变更的合法性和有效性，并及时通知所有相关方，以避免后续可能的法律纠纷。