如果您的二级建造师证被扣，可以采取以下步骤来解决问题：
沟通协商
首先，与公司进行沟通，了解扣留证书的具体原因。如果是因为工作交接或合同纠纷，尝试与公司协商解决问题。
检查与公司签订的合同或相关协议，确认是否有关于证书和章的归属、使用和归还的条款。这将有助于在协商时有更强的依据。
法律途径
如果沟通未果，可以考虑以下法律途径：
劳动仲裁：如果是因为劳动纠纷，可以向所在地的劳动仲裁委员会提起仲裁。
民事诉讼：如果证书和章属于您的个人财产，且公司无权扣留，可以向人民法院提起民事诉讼。
咨询专业律师：根据《劳动合同法》和《物权法》等相关法律法规，咨询专业律师并向人民法院提起诉讼，要求企业归还证书。
提交申请
如果证书被扣是因为违规操作，需要向发证机关提交注销申请，说明注销原因，并附上必要的证明材料。如果是因违规行为被注销，还需提供违规行为的详细描述和相关证据。
收集证据
准备好所有可能支持您主张的证据，包括但不限于劳动合同、证书和章的使用记录、与公司的沟通记录等。这些证据在协商或法律诉讼中非常重要。
注销处理
如果证书被扣且需要注销，应按照发证机关的流程进行注销，包括提交注销申请、审核与确认、公示与公告、注销处理等步骤。注销完成后，您需要了解可能产生的后续事宜，如重新申请注册等。
挂靠单位配合
如果证书是因为挂靠而被扣，需要与挂靠单位协商，要求其配合办理转出手续。有时挂靠单位可能以各种理由拒绝配合，这种情况下需要通过法律途径解决。
通过以上步骤，您可以依法维护自己的权益，争取要回被扣的二建证书。在整个过程中，保持冷静和专业，尽量通过和平方式解决问题。如果必须采取法律手段，建议咨询专业律师，以确保您的权益得到最大程度的保护。