二级建造师常用的组织工具包括以下六种：
项目结构图：
通过树状图的方式对一个项目的结构进行逐层分解，以反映组成该项目的所有工作任务。
组织结构图：
反映一个组织系统中各组成部门（组成元素）之间的组织关系（指令关系）。
工作任务分工表：
对管理任务进行详细分解，并在任务分解的基础上定义项目经理、主管工作部门或主管人员的工作任务。
管理职能分工表：
明确主办、协办、配合的部门，以及每一个任务至少有一个主办部门，反映项目管理班子内部项目经理、各工作部门和各工作岗位在各项管理工作中所应承担的策划、执行、控制等职责。
工作流程图：
反映一个组织系统中各项工作之间的逻辑关系。
合同结构图：
反映一个建设项目参与单位之间的合同关系。
建议在实际项目管理中，结合项目的具体情况和需求，灵活运用这些组织工具，以提高项目管理的效率和效果。