如果您的二级建造师证书所在公司不允许转出，您可以采取以下步骤来解决问题：
与公司沟通协商
首先，尝试与公司沟通，了解他们不同意转出的具体原因。可能是出于公司内部政策、合同条款或其他原因。通过沟通，您可以更好地理解问题所在，并寻求解决方案。
申请劳动仲裁
如果与公司协商无果，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司依法配合办理转出手续。在申请仲裁时，请确保您保留好所有相关证据，以便在仲裁过程中使用。
向建设行政主管部门反映情况
如果劳动仲裁未能解决问题，您可以向当地的建设行政主管部门反映情况，提供相关证明材料，并申请协助解决。建设行政主管部门会对此类问题进行调查，并可能提供相应的指导或解决方案。
寻求法律帮助
在整个过程中，您可以考虑咨询专业律师，获取更详细的法律建议和帮助。律师可以帮助您了解您的权益，并提供专业的法律解决方案。
考虑其他途径
如果以上方法均未能解决问题，您还可以考虑通过行业协会或其他相关机构寻求帮助，以达成您的目标。
总之，处理二级建造师证书转出问题需要耐心和多方面的努力。通过与公司沟通、申请仲裁、向建设行政主管部门反映情况以及寻求法律帮助等途径，您有望解决这个问题。