如果您的二级建造师证书被公司扣留，您可以采取以下步骤来解决问题：
了解情况
确认证书被扣留的具体原因。
查看您与公司签订的劳动合同或相关协议，了解其中关于证书使用的约定。
沟通协商
首先，尝试与公司负责人进行沟通，了解扣留证书的具体原因，并提出您的想法和权益，尽量达成双方都能接受的解决方案。
如果沟通无果，可以向当地劳动监察大队投诉，请求其介入调查。
法律途径
如果沟通协商和法律投诉都无法解决问题，您可以考虑通过法律途径，向法院提起诉讼，要求公司归还证书并赔偿损失。
在采取法律行动前，建议咨询专业律师，了解自己的权益和应采取的最佳诉讼策略。
收集证据
在整个维权过程中，收集相关证据非常重要。请确保您有以下证据：
与公司签订的劳动合同。
证书被扣留的相关证据，如邮件、短信、录音等。
与公司负责人沟通协商的记录。
其他选项
如果证书是因为公司出资考取的，需要查看当时与公司签订的协议条款，了解证书的所有权归属及取回条件。
如果证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，使以往的证书作废。
专业咨询
在整个过程中，建议咨询专业律师或法律机构，获取更具体的法律建议和帮助。
通过以上步骤，您可以更有针对性地解决问题，维护自己的合法权益。