一级建造师预付款的扣除方式通常有以下几种：
按比例扣回
当承包商完成一定比例的工程量（例如80%）后，开始按比例扣回预付款。具体扣回比例和起扣点在合同中会有明确规定。
起扣点法
起扣点是指从工程开始施工到预付款开始扣回的累计完成工作量金额。计算公式为：
[
T = P - frac{M}{N}
]
其中：
（ T ） 是起扣点，即预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；
（ M ） 是预付款限额；
（ N ） 是主要材料所占比重；
（ P ） 是承包工程价款总额。
分次扣回
预付款可以从每一个支付期应支付给承包人的工程进度款、施工过程结算款中按比例扣回，直到扣回的金额达到合同约定的预付款金额为止。提前解除合同的，尚未扣完的预付款应与合同价款一并结算。
一次性扣回
在某些情况下，预付款可以在工程完成并达到一定比例后一次性扣回。具体扣回比例和方式在合同中会有明确约定。
建议
在实际工程中，预付款的扣回方式和比例应在合同中明确规定，以避免后期纠纷。承包人应注意合同条款，确保按时完成工程进度，以便按时扣回预付款。同时，发包人应按照合同约定及时支付预付款，并在工程进度符合扣回条件时，及时进行扣回，以免影响工程进度和双方的利益。