如果您遇到一级建造师证书被单位扣留的情况，可以采取以下步骤来处理：
理解原因
首先，明确单位扣留证书的具体原因，可能涉及合同条款、工作交接、单位内部规定等。
和解途径
与单位沟通，了解具体情况，并尝试协商解决问题。
如果沟通无果，可以寻求第三方调解，如劳动仲裁或行业协会介入。
收集相关证据，如劳动合同、工作交接单、与单位的沟通记录等。
法律途径
如果和解途径无法解决问题，可以向当地劳动监察大队投诉。
申请劳动仲裁，要求单位归还一级建造师证。
如果仲裁无效，可以向人民法院提起诉讼。
特定情况下的额外建议
如果是公司出资考取的证书，需要查看当时与公司签订的协议条款，了解证书归属及相关约定。
如果证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，这样以往的证便可作废。
根据《注册建造师管理办法》，如果注册建造师与聘用企业解除劳动关系后，企业无故不予办理变更注册或注销注册的，可以通过正确的法律渠道对该单位进行举报或申请变更注册或注销注册。
通过以上步骤，您可以根据自己的情况选择合适的解决方案，争取拿回一级建造师证书。