如果您的一级建造师证书被公司扣留，您可以采取以下措施：
协商解决
首先尝试与公司领导沟通，了解扣留证件的原因，并表达您的诉求。
如果公司有合理的理由扣留证件（如培训协议中规定的条款），则需要按照协议约定处理。
法律途径
如果协商无果，您可以向当地劳动部门或法律部门寻求帮助。
根据《中华人民共和国劳动合同法》，企业不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。
如果公司违反了法律规定，您可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
补办证件
如果确实无法取回原证件，您可以向发证机构申请补办，并将原证件注销。
注销注册
如果证书已经被注册，您可以查询注册单位，然后通过劳动仲裁要求确认离职，并办理注销手续。
同时，您也可以选择登报挂失，然后使用仲裁书和报纸注销掉注册信息。
中介扣留
如果证书被中介公司扣留，由于中介无权扣押国家机关核发的合法证件，您可以向劳动机关投诉，或向人民法院起诉要求归还证件。
请根据具体情况选择合适的解决方式，并注意保留所有沟通记录和相关证据，以便在需要时提供证明。