企业只能使用一个二级建造师的执业资格。具体规定如下：
执业资格限制
一个建造师在一个企业内只能进行一项执业。
这意味着企业不能使用同一个二级建造师的多个执业资格进行资质申请或资质升级。
企业资质与建造师数量
根据《建筑业企业资质管理规定》，不同资质等级的建筑企业需要不同数量的建造师。例如，施工二级资质需要二级及以上建造师12人。
企业应根据自身资质等级要求聘用足够数量的建造师，而不是仅依赖一个建造师。
注册与执业
二建造师只能在一个单位执业，不能同时在多个单位注册。
如果一个建造师在多个单位注册，可能会导致资质申请或执业资格上的问题。
建议
企业应确保按照资质要求聘用足够数量的合格建造师，避免因建造师数量不足而影响资质申请和升级。
企业应遵守相关规定，确保每个建造师的执业资格仅用于一个单位，以维护企业的合规性和资质的有效性。