二级建造师成绩确实存在负分的情况，主要涉及以下几种情况：
缺考
成绩为“-1”代表考生报名了考试，但并未实际参加考试。
违纪
成绩为“-2”代表考生在考试过程中有违纪行为发生。违纪行为可能包括替考、伪造证件、抄袭、使用通讯工具或其他高科技手段等作弊行为。根据相关规定，违纪行为会导致当次科目成绩无效，并记入专业技术人员资格考试诚信档案库，记录期限为五年。
成绩无效
成绩为“-4”代表考生的成绩无效，可能原因是报考条件不符或存在其他违纪行为导致科目成绩无效，或虽无违纪违规行为但未按考试要求作答。
综上所述，二级建造师成绩中确实存在负分，分别对应缺考、违纪和成绩无效三种情况。建议考生诚信应考，避免违纪行为，以确保顺利通过考试。